Muitos testes de comparação e benchmarks publicados na internet dizem que a Tesla é mais rápida em aplicações científicas, mas não sou especialista em HPC e não sei dizer se os procedimentos de teste usados nessas comparações não estão favorecendo a Nvidia de alguma forma. Especialmente comparação publicada pela Nvidia:)
Eu acho que a Nvidia CUDA é uma tecnologia madura, e eu acho que existe uma comunidade maior de desenvolvedores de CUDA, então usar o Tesla pode acelerar o desenvolvimento do seu projeto se você estiver trabalhando em algum software.
Eu não sei se a Intel MKL é uma tecnologia madura, mas para mim - isso é algo muito exótico e acho que encontrar alguma ajuda / suporte pode ser mais difícil do que para o desenvolvimento de CUDA. Por outro lado - acredito que você pode obter suporte ao cliente de alta qualidade da Intel.
Você também deve considerar que a Nvidia está agora em 28nm "age", a Intel em 22nm (quero dizer produtos disponíveis no mercado). Então, teoricamente, podemos esperar uma eficiência energética similar hoje, mas a Intel entrará em tecnologia de 14nm em breve, e isso significa que a próxima série Phi será muito mais eficiente.