Tenha em mente que a porta 53 é a porta de destino (do servidor DNS), seja na máquina local ou em outro lugar. Sobre a única opção que você tem para se conectar a um servidor DNS na porta 55 seria usar um comando iptables. Desde que /etc/resolv.conf aponte para outra máquina, qualquer outro serviço pode ser executado na porta 53 da caixa local (embora você precise ser root para executá-lo e não consigo pensar em uma boa razão para fazer assim).
O NetManger lê um arquivo de configuração (nas variantes do Debian / etc / network / interfaces) e grava o arquivo /etc/resolv.conf quando é iniciado (normalmente, no boot). Em outras palavras, o NetworkManager é apenas um programa que grava os arquivos de configuração usados por outros programas e / ou chama os programas / scripts para empregar esses arquivos de configuração.