Cada usuário deve ter sua própria área de trabalho e controlar sua atividade git
. Por que você infligiria alterações de formato automatizadas no conteúdo do usuário enquanto ele trabalhava nele? As condições que você está controlando devem ser ocorrências relativamente raras. Se não estiverem, pode haver problemas com o fluxo de trabalho.
Ações de limpeza automatizadas, como alterações de formatação, devem ser aplicadas ao código não modificado. Ao usar o controle de versão, eles devem ser um commit separado. Tais mudanças devem ser relativamente fáceis de mesclar.
Não tenho conhecimento de nenhum padrão quanto a quando ou se devo avisar sobre arquivos alterados. No entanto, muitos editores agora pelo menos avisam antes de sobrescrever os arquivos alterados. Além disso, pode haver integração de controle de versão como funcionalidade interna ou por meio de um plug-in.
Parece que o LyX 2.1 possui funcionalidades básicas do GIT embutidas. Isso pode ajudar com seus problemas com arquivos abertos.