Você pode proteger uma posição de objeto (ou seja, seu objeto de referência).
Clique com o botão direito do mouse no objeto de referência, selecione Pozition and Size… . Marque a opção Posição em "proteger" (veja a imagem abaixo); então faça o alinhamento.
PS: Parece que o LibreOffice toma o centro relativo de todos os dois objetos, ou seja, a linha central de uma superfície cobrindo dois objetos, e então move todos eles para que seus centros fiquem nessa linha central.