É difícil dizer se ele usa compactação ou não porque não temos acesso ao firmware das unidades, mas isso não é muito provável.
Tipicamente, a compactação é feita no nível do sistema de arquivos - não no nível da unidade. Pode ser difícil para uma unidade determinar e organizar o que é dados repetitivos, pois ela não está realmente equipada para analisar os dados que entram e saem (há exceções, com determinadas unidades). Requer um controlador muito maior e memória dedicada.
Um trabalho de discos rígidos é armazenar e recuperar o que o sistema operacional deseja. O sistema operacional pode manipular os parâmetros específicos do aplicativo.
Assim como uma observação, a compactação do sistema de arquivos não afeta a integridade de suas informações. Pode tornar a perda de dados pequena pior , mas quando estiver funcionando corretamente, você não perderá nenhuma informação.