Isso depende do aplicativo e acho que o melhor que você pode fazer é entrar em contato com os desenvolvedores de aplicativos EAGLE e pedir que eles implementem o suporte para as telas do HiDPI. Você perceberá que aplicativos como o Google Chrome, o Adobe Photoshop, o Steam etc. também não são dimensionados adequadamente.
Sua outra opção é desativar o dimensionamento de DPI para esses aplicativos.
- Clique com o botão direito do mouse no arquivo exe do programa (não no atalho) e clique em Propriedades.
- Clique na guia Compatibilidade.
- Marque a caixa "Desativar o dimensionamento de exibição em configurações de DPI alto".