Causa mais provável para isso é superaquecimento. Verifique a temperatura da sua CPU. O superaquecimento ocorre com alto uso e a velocidade de resposta geral fica mais lenta até o ponto de parada, reinicialização ou desligamento do sistema.
Meu computador costumava não ter problemas em ficar com alto uso da CPU, até alguns dias atrás, o que eu percebi que isso tornaria o tempo do sistema mais lento. Há um atraso de 15 a 30 minutos para cada hora real passada.
Existe algum motivo para o uso excessivo de CPU diminuir a velocidade do sistema? Eu não acho que sincronizar o relógio com um servidor com muita frequência seria uma boa ideia.
Causa mais provável para isso é superaquecimento. Verifique a temperatura da sua CPU. O superaquecimento ocorre com alto uso e a velocidade de resposta geral fica mais lenta até o ponto de parada, reinicialização ou desligamento do sistema.