Sinto muito que você tenha aprendido essa lição da maneira mais difícil. Utilitário de backup do Windows é praticamente o pior utilitário de backup que encontrei. Não sei exatamente como isso funciona, mas sei que é lento e usa uma tonelada de armazenamento.
Eu diria que não é uma solução viável para arquivos de dados que mudam todos os dias. Minha solução altamente recomendada é o Crashplan. Ele pode ser usado para backup na nuvem (que é o mais conhecido), mas também pode ser usado para backups locais ou de rede. Ele tem um algoritmo muito inteligente que reduz a duplicação de dados e adiciona compactação. É grátis (com anúncios) e fácil de usar. Eu uso para fazer backup do meu diretório de usuários para outro disco rígido e é meu programa de backup favorito, de longe.
Eu não usaria o utilitário de backup do Windows, a menos que eu não tivesse outra escolha.