Would this mean I have two channels with two ports each?
Não. Cada 'canal' SATA comum conecta-se apenas a uma unidade.
A exceção a isso seria se você usasse um multiplicador de porta , mas isso é bastante incomum no espaço do consumidor e, dependendo no tipo de multiplicador, você precisaria configurá-lo explicitamente. Já que você não menciona que estou respondendo "Não" a essa parte da questão.
If so, a RAID 1 with two drives should ideally be set up with each drive on a separate channel (although performance may not really be noticeable)? Or is each port still independent?
Para o IDE / P-ATA, você está certo. Para SATA isso não deve importar.
Pergunta: Se o seu BIOS / controlador configurado para o modo AHCI normal ou você está inicializando no modo legado? O último pode explicar por que você está vendo informações antigas ao listar a configuração PCI.