Infelizmente, não há como "importar" ou criar históricos de documentos dinamicamente. Seria um assunto tedioso, já que você precisaria "inverter" suas versões atuais para que a versão mais antiga fosse o documento atual, importar isso, então pegar a próxima versão e importá-la, e assim por diante. Isso faria com que o SharePoint criasse os históricos de versão dos documentos.
Outra abordagem para isso é a transição lenta por projeto ou equipe, se possível. Pegue os documentos que terão uma linha de base definida - importe-os e comece a manter o histórico de versões a partir desse ponto. Isso significa que você terá dois repositórios por vez, mas você não perderá os dados necessários.