TrueCrypt é uma solução que você pode usar, outra é bitlocker. Eu tenho usado TrueCrypt em um ambiente de produção há cerca de um ano sem problemas. Se você quiser colocar a unidade em uma máquina diferente como uma unidade 'secundária', esse computador também precisará do TrueCrypt instalado para ler a partição criptografada.
Formatar a unidade eliminará tudo , algumas pessoas preferem exFAT sobre NTFS, se você for fazer backups de todo o seu computador, veja este post de como eu recomendo que você faça isso.