Para forçar o FFmpeg / Libav a copiar todos os fluxos de entrada para a saída, use a opção -map 0
.
ffmpeg -i in.mkv \
-map 0 -c copy \
-c:v mpeg2video -qscale:v 2 \
out.mkv
O FFmpeg e o Libav devem se comportar da mesma maneira aqui. Veja Como usar a opção -map no wiki do FFmpeg. Experimente a opção sugerida ' -qscale: v 2 ' nesta linha de comando, isso deve dar excelentes resultados, ou simplesmente manter as opções de taxa de bits como especificado em seu próprio post.