Esse problema foi relatado desde agosto de 2009, no link . Você tem razão em observar que o problema se deve ao Google Chrome Sync. Atualmente, Sync
não suporta posicionamento arbitrário de nós, o que é relatado nesta edição link
A data fixa programada para o último bug é para o Release 26, 11 de fevereiro de 2013.
Para garantir que os bugs recebam maior prioridade na equipe de desenvolvimento do Chromium, sugiro que sejam estrelados ambos os problemas.