Em muitos sentidos, será exatamente como se fosse uma unidade normal, portanto, você poderia perder dados não salvos e o sistema de arquivos poderia ficar corrompido. Pode ser um pouco irritante se um sistema de arquivos criptografados estiver corrompido e não montar mais, mas se eu não estou enganando, o TrueCrypt oferece alguma opção para descriptografar dados sem montá-los para que você possa usá-los com ferramentas tradicionais para recuperar dados. .
Eu não posso realmente dar-lhe boas referências aqui, mas isso é da minha memória de como funciona a TrueCrypt. Eu não ficaria surpreso se a documentação do truecrypt fala sobre isso.