Estou apenas mencionando isso, caso você não se importe em anotar PDFs usando uma ferramenta de código fechado. Em qualquer caso, o visualizador PDF-XChange é uma ferramenta gratuita que é instalada e executada perfeitamente no Wine no Linux e oferece recursos completos de anotação em PDF, incluindo desenho, adição de texto e outras anotações. Veja: link