Os produtos Adobe Acrobat (incluindo o Reader) não são projetados para coexistir em computadores. É estúpido, na verdade, porque a menos que você seja feito de dinheiro, é provável que você tenha uma versão mais antiga do "Pro" e precisará do Reader para operar com os recursos mais recentes.
De qualquer forma, a melhor maneira de determinar qual deles tem precedência na abertura de arquivos é instalá-los na ordem inversa em que você deseja abrir arquivos.
Portanto, se você quiser que "Pro" abra arquivos, instale o Reader primeiro. E se você quiser que o Reader abra arquivos, instale o "Pro" primeiro.
Às vezes, basta reparar os aplicativos para que eles tenham precedência, caso você já tenha instalado os dois.
Oh, estabelecer precedência para o IE é outra besta estranha e horrível. A correção acima pode funcionar para o IE, mas achei melhor definir o Adobe NOT para abrir os PDFs na janela do navegador para que o sistema operacional manipule com qual IE o PDF será aberto.