Eu mesmo tive esse problema e consegui resolvê-lo.
No meu caso, foi causada pela página que contém o zoom do player. Forçar manualmente o zoom para 100% usando Ctrl-Scroll e clicando em tela inteira funcionou perfeitamente.
Note que eu defini o zoom padrão para 120% Ctrl-0 não funcionaria.
Parece que o chrome está reportando o tamanho do conteúdo erroneamente devido ao zoom, ou o flash está consumindo-o incorretamente.