Você não precisa substituir o pulseaudio. Você pode configurar o pulseaudio para redirecionar tudo para o jack. Com seu método, todos os aplicativos que usam pulso continuam a funcionar. Pelo menos é isso que funciona para mim em 12.10: Executando o PulseAudio no topo do JACK
Na seção "Redirecionando o PulseAudio para o JACK"
Depois de instalar o módulo pulseaudio necessário
apt-get install pulseaudio-module-jack
Eu realizei as seguintes alterações nos arquivos em / etc / pulse:
diff --git a/pulse/daemon.conf b/pulse/daemon.conf
index b4e8e86..2ef0b43 100644
--- a/pulse/daemon.conf
+++ b/pulse/daemon.conf
@@ -85,3 +85,18 @@ default-fragment-size-msec = 10
; enable-deferred-volume = yes
deferred-volume-safety-margin-usec = 1
; deferred-volume-extra-delay-usec = 0
+
+;
+; JACK REDIRECTION
+;
+; redirect all pulseaudio output to jack
+;
+; http://trac.jackaudio.org/wiki/WalkThrough/User/PulseOnJack
+;
+
+default-sample-format = float32le
+default-sample-rate = 48000
+realtime-scheduling = yes
+exit-idle-time = -1
+
+; JACK REDIRECTION END
diff --git a/pulse/default.pa b/pulse/default.pa
index 6b54ebb..cb9490d 100644
--- a/pulse/default.pa
+++ b/pulse/default.pa
@@ -163,3 +163,34 @@ load-module module-switch-on-port-available
### Make some devices default
#set-default-sink output
#set-default-source input
+
+
+# JACK REDIRECTION
+#
+# redirect all pulseaudio output to jack
+#
+# http://trac.jackaudio.org/wiki/WalkThrough/User/PulseOnJack
+#
+# the commented lines are modules which are already loaded by
+# the code above
+#
+
+# apt-get install pulseaudio-module-jack installs both source and
+# sink modules
+
+.ifexists module-jack-sink.so
+load-module module-jack-sink channels=2
+set-default-source jack_in
+.endif
+
+# load-module module-native-protocol-unix
+# load-module module-stream-restore
+# load-module module-rescue-streams
+# load-module module-always-sink
+# load-module module-suspend-on-idle
+
+# JACK REDIRECTION END
Espero que isso ajude