Primeiro, liste seus monitores e resoluções:
xrandr -q
Tome nota dos seus nomes de monitores, exemplo (eu trunquei a saída para não listar todas as resoluções)
bodhi@zenix:~$ xrandr -q
Screen 0: minimum 320 x 200, current 1920 x 1200, maximum 4096 x 4096
DVI-I-1 connected 1920x1200+0+0 (normal left inverted right x axis y axis) 520mm x 320mm
1920×1200 60.0*+
DVI-I-2 connected 1920x1200+0+0 (normal left inverted right x axis y axis) 520mm x 320mm
1920×1200 60.0*+
Aqui meus monitores são "DVI-I-1" e "DVI-I-2"
Com essa informação, você pode definir uma resolução. Use "--output" e "--mode" para definir a resolução de cada monitor.
xrandr --auto --output DVI-I-2 --mode 1920x1200 --left-of DVI-I-1
Veja meu post no blog e / ou man xrandr para opções adicionais (definição de resolução ou dpi ou frequência).
Poste de volta, com a saída de xrandr -q , se precisar de ajuda específica com seus monitores.
Nota: o xrandr não funciona com drivers proprietários.