Recentemente, deparei com um software de mouse mal escrito que tinha um problema interessante. Sempre que eu clicasse em um campo de edição específico, ele mudaria para o layout do teclado em inglês, mesmo que nenhum deles estivesse configurado.
A causa mais comum do problema que você descreve é pressionar acidentalmente alt + shift para alterar os idiomas, mas isso não funciona no seu caso quando apenas um idioma é configurado.
Eu tentaria identificar quando isso acontece, é em uma aplicação específica? talvez até mesmo um campo de edição ou caixa de diálogo específica em um aplicativo? Além disso, você deve verificar se há algum software de teclado instalado e tentar desabilitá-lo ou desinstalá-lo e ver se ele resolve o problema.