O AppleScript que pode ser executado não recebe nenhuma entrada. Portanto, não é possível agir com facilidade em qualquer email específico.
Tive algum sucesso configurando a cor de fundo do novo e-mail na regra de e-mail (algo que não costumo usar e usando como marcador os e-mails que precisam ser processados no AppleScript via API do Mail. Outras opções são sinalizando e movendo para uma pasta especializada.
O AppleScript em execução posteriormente pode reverter essas ações do marcador.
Também é possível usar scripts de GUI para a exportação de PDF, mas não consegui fazer com que funcionasse de forma confiável.