O 11.04 chegou ao End of Life há cerca de um mês, o que significa que não há repositórios nem atualizações. Eu sugeriria uma instalação limpa de 12.04 no lugar de 11.04, pois o upgrade de 11.04- > 12.04 não é suportado e provavelmente não funcionará.
Você não pode manter os pacotes instalados ao reinstalar, mas é possível salvá-los em uma lista e reinstalá-los depois, embora alguns pacotes (como GDM ou mono) não estejam disponíveis ou sejam necessários:
salve na lista
dpkg --get-selections > package_list
restaurar da lista
cat package_list | sudo dpkg --set-selections && sudo apt-get dselect-upgrade