Do jeito que eu vejo, a funcionalidade do Mail.app como um agregador de RSS é significativamente separada de sua funcionalidade como um programa de email. Nós só vemos a comparação entre e-mails e publicações de feed porque o Mail.app os exibe em GUIs semelhantes. Assim, ele não é projetado ou aconselhável para que as publicações de feed sejam embaralhadas com as regras de e-mail - na verdade, estou surpreso com o fato de você conseguir que funcione em primeiro lugar. O fato de você poder mostrar um feed na caixa de entrada é contrário a esses princípios ... Acho que esse recurso existe apenas para permitir que as postagens de feed não lidas apareçam no selo do Dock do Mail.app.
Os feeds RSS não são sincronizados porque não são realmente locais - são inerentemente na nuvem. O problema com o qual temos de lidar é a sincronização de um estado de leitura / não lido em várias máquinas. Minha abordagem para isso é simplesmente limitar-me a um único agregador de RSS, mas acho que a melhor opção para você pode ser o Google Reader . Você pode encontrar outras coisas, como aplicativos para iOS que possuem uma estrutura de sincronização existente, e há vários outros agregadores de RSS para Mac que podem funcionar para isso, mas Mail.app (e especialmente a sincronização de feeds RSS por IMAP) definitivamente não é a ferramenta certa para o trabalho.