o formail e o procmail irão ajudá-lo aqui, o procmail pode analisar um conjunto de mensagens e entregá-las para o formato para extrair as informações desejadas.
Como você recebe as mensagens para esses programas é uma questão diferente e depende de como eles são armazenados. Se eles estão armazenados no formato mbox, então eu acho que o procmail pode lê-los diretamente, mas não tenho certeza de como é flexível com isso.