Existem dois problemas:
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anexando comando ao histórico em vez de sobrescrevê-lo. Isto pode ser feito adicionando isto ao seu .bashrc
shopt -s histappend
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relendo o histórico após cada comando. Isso pode ser feito usando:
PROMPT_COMMAND="história -a; história -n"
Nem sempre é tão bom quanto parece à primeira vista. A busca reversa funciona muito bem (control-r), mas pode ser frustrante se você usar apenas "up" do comando anterior (será o último comando dado em qualquer console).
Talvez haja maneiras de ajustar isso ... mas acho que é um bom começo para você.
Edit: só vi o comentário sobre duplicado ... solução parece exatamente o mesmo.