Como sua pergunta editada afirma, a suspensão geralmente não causa um problema. Você pode minimizar as chances de perder mais, desconectando-se da conexão com a Internet para que o programa apt possa suspender os downloads normalmente. Há sempre uma chance de o seu computador não suspender / hibernar corretamente. Se isso acontecer, há uma chance de que apt perca o controle do arquivo que ele estava baixando, provavelmente o pior que isso causaria seria reiniciar esse arquivo em particular, portanto, ainda é um risco pequeno.
Para responder à sua pergunta atualizada, eu não a suspenderei enquanto estiver instalando pacotes. Mesmo com uma boa suspensão e retomada, pode causar problemas se você parar no meio de atualizar arquivos importantes, eles podem não ser instalados corretamente. Se ele travou durante o processo de retomada, provavelmente muito causará pacotes parcialmente instalados, que podem ser recuperados, mas pode ser uma dor de cabeça que você pode evitar aguardando alguns minutos até que a instalação seja concluída .
Quanto à segunda parte da sua edição, presumo que por "Upgrade Manager" você está falando sobre a atualização da sua versão, ou seja, de 13.04 a 13.10. A atualização de versões também usa o programa apt , ele baixa muito mais arquivos antes de instalá-los, então a resposta é a mesma. É seguro suspender o download no meio, mas eu ainda desligaria a conexão com a internet antes de desligar / suspender.
A única diferença é que é mais importante deixar a instalação real terminar antes de encerrar, uma atualização de distribuição parcialmente instalada é muito mais difícil de recuperar do que uma atualização de pacote; Em uma atualização de pacote você pode desinstalar o pacote e reinstalá-lo, mas se você tiver 13.04 sistemas tentando inicializar com arquivos 13.10 (por exemplo), você pode ter um sistema que não inicializa. Novamente, você ainda pode se recuperar disso, mas seria muito mais trabalho.
Para resumir em uma frase, você deve estar seguro suspendendo / desligando durante o download dos arquivos, mas eu não jamais desligue o computador durante o processo real. instalação desses arquivos. (Também eu não faria isso com a energia da bateria para evitar um desligamento relacionado à baixa potência)