Como parte do processo de cópia, os dados são armazenados na memória e gravados no disco. Escrever os dados no disco leva tempo, mas o software (nautilus) não mostra a operação pendente.
Para detalhes, consulte
Copiar para cartão de memória USB muito lento?
O tempo necessário para sincronizar varia de acordo com o sistema de arquivos na unidade flash e algumas pessoas passaram por tempos de gravação lentos com o NTFS. Este parece ser um kernel ainda não identificado (driver ntfs).
Por que a transferência de arquivos usb é tão lenta em 12.10
De qualquer forma, você deseja sincronizar ou gravar os dados do buffer no pen drive antes de removê-lo. Este princípio é verdadeiro em todos os sistemas operacionais. Use o recurso de ejeção ou na linha de comando,
sync