Eu temo que seu problema não tenha solução. As baixas taxas de transferência do USB são um fantasma na história do Ubuntu, que vem e desaparece de tempos em tempos. Isso acontece porque os desenvolvedores na maioria dos casos não conseguem reproduzir esse problema e, então, nenhuma solução será lançada.
Você pode ver um fenômeno de discussões sobre taxas de transferência de USB sendo lentas no Ubuntu (e seus "primos"). Por exemplo, você pode ver este tópico , esta discussão e este outro tópico .
Alguns dizem que habilitar ou desabilitar o Suporte USB Legado para o BIOS resolve o problema, embora pareça ser um caso raro e específico.
Há um bug relatado no LaunchPad que apresenta uma solução para o problema, mas como é um pouco desatualizado, não posso avaliar sua eficácia hoje em dia. A solução alternativa é apresentada por Jean Pierre em Bug # 66115 ele fala sobre a solução alternativa em este comentário e depois em este comentário mais detalhado .
Uma discussão interessante é sobre o modo de sincronização sendo ativado quando o Nautilus monta um dispositivo, embora além do Konqueror (equivalente ao Nautilus no KDE) não encontrei ninguém que tenha a opção de sincronização desativada para o Nautilus.
Algumas soluções alternativas de eficácia duvidosa são discutidas em Super pergunta do usuário .
Se você não tiver sorte até aqui, direi que não existe solução para o problema atualmente.
Atualmente há um um bug reportado no LaunchPad e você pode marcá-lo como um problema que afeta você. Se o seu hardware for diferente daquele relatado pelo bug, você poderá adicionar um comentário relatando o hardware afetado.