Eu não acho que seja um problema específico da barra de ferramentas, pois se você adicionar uma entrada em outro lugar, você enfrentará o mesmo problema - ela não terá menos que uma determinada largura (suponho que seu problema esteja menor do que maior) usando a propriedade Width request .
Veja isto: link e link
Ou seja, defina a propriedade Width in chars (se estiver usando o glade) ou simplesmente:
# widget refers to the GtkEntry object
widget.set_width_chars(5)
Claro, isso será ignorado se você tiver um Width request maior que Width in chars .