Isso só acontecerá se você tiver a opção ativada para descartar as alterações. Quando você faz um instantâneo, você pode definir a Máquina Virtual para sempre descartar as alterações feitas após o instantâneo quando a VM é desligada.
Basta desativar essa opção e reiniciar / desligar normalmente e manter todas as alterações.
Além disso, verifique se não há um ISO ou CD montado que faça uma instalação do sistema operacional. Normalmente, isso deve ser contornado, mas isso pode acontecer se você alterar a ordem de inicialização.