Colocando o evangelismo do Linux de lado, reinstalar o Windows ajuda, mas não é para os fracos de coração. Sabe-se que o Windows fica atolado por muitas instalações pequenas e desinstalações incompletas.
CCleaner como mencionado ajuda, mas às vezes você tem que usar meios mais duros. Para o PC da mãe, o CCleaner certamente está bem. Para meu próprio pc, reinstalar é melhor.
Eu fiz uma imagem de disco dos meus aplicativos favoritos do Windows + recém-instalados, então é uma questão de 30 minutos para voltar a funcionar (depois de fazer backups de dados apropriados).