Depende do programa. Por favor, perdoe minhas palavras de doninha:
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Alguns armazenam as informações em uma área criptografada do registro.
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Alguns armazenam as informações em um arquivo criptografado no disco rígido.
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Alguns compilam a data no executável.
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Alguns ocultam as informações em um arquivo aparentemente inócuo.
Seu maior desafio é que alguns deles não armazenam a data em si, mas o número de vezes que ela foi lançada. E alguns tomarão nota se você (por exemplo) ajustar seu relógio de volta para contornar seus cheques.
Em suma, isso depende.