Eu sou o cara por trás do Glyphish. Existem algumas maneiras de mudar a cor. Mais fácil é ir para Editar > Preencha e escolha Cor na primeira lista suspensa, verifique se Preservar transparência está marcada e clique em OK.
Feliz em explicar com mais detalhes; deixe-me saber se você conseguir que isso funcione.