Não.
Quando você converte de FLAC para MP3 (ou qualquer outro formato), o conversor precisa essencialmente regravar o arquivo. Seria como gravar um vídeo ou tirar uma foto de uma foto; claro que você não vai manter a qualidade do original.
No entanto, quando você converte de MP3 para FLAC, você está simplesmente descompactando o MP3 e pegando o som bruto de qualquer coisa que esteja lá. Sem perda de qualidade. É claro que, como James Polley apontou nos comentários, você não pode ganhar qualidade do nada dessa maneira.
Isso se aplica a áudio, vídeo, imagens etc.