Sim. Existe o modo. Basta alterar o Status do Skype Online para "Não perturbe" (o vermelho).
Se uma nova mensagem chegar, você verá um ícone na bandeja do sistema alterado um pouco. Nada mais. Sem sons, sem janelas, sem notificações.
A propósito ... O modo "Não perturbe" foi projetado para atividades de trabalho.