Eu resolvi esse problema pressionando F5
no gerenciador de arquivos com o diretório aberto.
Estou executando o Ubuntu 13.04 de 64 bits e tenho um diretório com 2 pastas e um arquivo nele. O problema é que apenas uma dessas pastas é realmente visível no gerenciador de arquivos visual:
Você pode ver que a pasta bin
existe e eu tenho direitos para acessá-la, no entanto. Eu notei isso acontecendo antes de alguns diretórios aleatórios. O que poderia estar causando isso?