cd <foldername>
del *.*
irá apagar os arquivos. Você precisa fazer
rmdir /s <subfolder>
para cada subpasta.
Atualizar
Tente isso em um arquivo de lote:
@echo off
cd "%1"
del *.* /y
for /d %%i in (*) do rmdir /s /q "%%i"
Chame de algo como EmptyDir.bat. Então você pode digitar:
emptydir <dirname>
e ele excluirá os arquivos e a pasta nessa pasta, mas deixará a pasta lá.