Em resumo, "Sim". Um dos benefícios do Linux é a capacidade de compartilhar bibliotecas / dependências comuns entre diferentes aplicativos em execução. Por causa disso, muitos usuários estão firmemente enraizados no GTK, QT, KDE, etc. e se recusarão a instalar aplicativos que tenham dependências fora do campo escolhido. Essa linha de pensamento pode ter benefícios muito práticos em uma máquina com poucos recursos. Imagine três aplicativos, todos baseados em diferentes kits de ferramentas, sendo executados em um único computador. Esses aplicativos precisarão de todas as suas próprias bibliotecas de conjuntos de ferramentas carregadas no RAM para funcionar, mesmo que muitas dessas bibliotecas executem funções semelhantes. Agora imagine três aplicativos sendo executados em algum computador, mas todos eles são baseados no Gnome. Nesse caso, todos os três aplicativos do Gnome podem compartilhar as mesmas bibliotecas no seu RAM. Como você pode ver, a fidelidade do kit de ferramentas pode certamente diminuir o uso do seu RAM. Além de diminuir a transferência de dados do seu disco rígido, o sistema estará recuperando menos dependências.
O outro lado disso é que, se você tem um computador relativamente moderno, pode não notar nenhuma diferença. Processadores multi-core, drives de estado sólido e muitos bits de memória RAM tornam muitas dessas considerações discutíveis. Sua maior preocupação pode ser que um aplicativo do KDE não pareça "correto" em seu desktop GTK +.
Em última análise, você teria que avaliar se a sua máquina está se entupindo com a carga. Se ainda parecer normal, não se preocupe com isso. Aproveite o uso dos aplicativos que você gosta. Se estiver arrastando, talvez seja necessário reconsiderar a visualização de algumas opções do GTK para uso futuro. Boa sorte, espero que isto ajude!