Estou enfrentando o mesmo bug (acho que é).
SO: Ubuntu 12.04
Placa Gráfica: GeForce 310M
Na configuração de monitor duplo, o lançador de unidade está na tela da direita (errada).
Eu tentativamente resolvo isso definindo a posição do monitor principal como Direito de e, em seguida, definindo-o de volta para Absoluto .
Eu faço isso a cada reinicialização (!).
Além disso, eu configurei isso via gconf-editor :
/apps/compiz-1/plugins/unityshell/screen0/options/num_launchers=1
Isso força o lançador a aparecer em apenas um monitor (caso contrário, para mim, ele aparece em ambos)
Naver teve problemas com o Ubuntu 11.04
Espero que isso ajude.
Editar:
Na verdade, eu uso para definir ambos os monitores para Absolute com o lado direito posicionado a partir da largura do pixel da esquerda.
Então, no meu caso:
1366x768 Absolute +0+0 Primary
1280x1024 Absolute +1366+0