Sim, como o OS X é baseado no BSD * nix, o sistema de permissões é o mesmo. A reparação de permissões passa por todos os arquivos do sistema na sua unidade de inicialização e garante que eles estejam definidos para o proprietário, grupo e atributos corretos. Então, se você ou um aplicativo de alguma forma estragou as permissões de um arquivo na pasta System, o reparo iria consertar isso e evitar que problemas surgissem. Não é tão importante assim, a menos que você esteja com problemas, embora eu o execute uma vez por mês, assim como um teste de sanidade.