Para passar argumentos para o arquivo bat ou cmd - basta rodar o script com parâmetros, como este:
script.cmd parameter1 parameter2
Dentro do script - se você passar argumentos - você terá% 1% 2% 3 variáveis especiais disponíveis, e você pode usá-las assim
echo First argument is %1
echo Second argument is %2
echo Starting application with arguments
application.exe %1 %2
Mais informações:
Scripts em lote do Windows / Argumentos da linha de comando no Wikilivros
EDIT / adicionado posteriormente após discussão nos comentários.
Para substituir o atalho pelo arquivo de linha de comando (cmd ou bat) - crie o arquivo .bat
ou .cmd
desta forma:
"C:\Some Location\Some application.exe" argument1 argument2