Eu tive um problema semelhante vindo do VirtualPC para o VirtualBox com algumas VMs Linux.
Eu configurei uma máquina virtual usando o VHD do Linux e tive um comportamento bastante flakey e travamentos, apesar do suporte ao arquivo VirtualPC VHD.
Então eu clonei a VM (Machine- > Clone). A VM clonada funcionou bem sem a estranheza. Eu não sei exatamente como isso foi corrigido, mas eu fiz isso com os outros arquivos VHD e todos eles parecem rodar muito bem após a clonagem.
Ainda não fiz isso com uma VM do Windows. Dada a miséria que tive com a movimentação de discos rígidos Windows de uma máquina para outra, há um trabalho sério de preparação necessário para fazer com que o Windows verifique novamente seu hardware e acesse.
Eu percebo que este é um tipo de resposta on-the-periferia, mas a mudança para o VirtualBox valeu a pena.