Se você abrir um .dot (ou .dotx), não haverá "salvar", ele será sempre interpretado como "Salvar como".
O principal efeito disso é que os usuários não podem salvar acidentalmente sua versão preenchida sobre o modelo, o que de outra forma é bastante irritante para o próximo usuário do modelo.
Você está certo de que, do contrário, há pouca diferença; afinal, você pode fazer um doc ou docx para um template simplesmente renomeando o arquivo no disco.