A lista de atalhos aos quais você está se referindo é denominada Visão dos aplicativos. Para organizar os itens exibidos de maneira diferente, você só pode usar os filtros disponíveis perto da palavra Apps.
Você pode organizar aplicativos e programas de área de trabalho por nome, a data em que eles foram instalados, com que frequência você os está usando e por categoria.
OproblemacomessavisãoéqueessesfiltrosfuncionambemparaaplicativosmodernosdaWindowsStore.Osprogramasdeáreadetrabalhogeralmentesãoclassificadoscombaseemcomoodesenvolvedorosdefiniu.OsprogramasdeáreadetrabalhocriamsuasprópriaspastasnestaExibiçãodeaplicativoseoWindows8.1nãosabecomoorganizá-lasdeacordocomtodososfiltrosqueelafornece.
SevocêquisersabermaissobreaVisualizaçãodeaplicativosecomoelafunciona,leiaesteguia:
Para responder à sua última pergunta: você não pode adicionar ou remover itens da Exibição de aplicativos. Isso não é controlado pelo usuário de nenhuma maneira.
Espero que isso ajude, mesmo que minhas respostas não sejam o que você esperava.