Provavelmente, o Linux está configurado para usar o relógio do hardware como UTC, enquanto o Windows quer que o relógio do hardware seja configurado para o "tempo de parede". Como você está com o boot duplo, você precisará configurar o Linux para não usar o UTC para o clock do hardware.
Algumas distribuições de linux usam
/etc/sysconfig/clock
enquanto o Ubuntu e o Debian usam
/etc/default/rcS
Neste arquivo, mude UTC = verdadeiro para UTC = falso
Você pode usar o comando
hwclock --systohc --localtime
para definir o relógio do hardware dentro do Linux.