Então - é um bug, aqui .
Mas, enquanto isso, encontrei uma solução alternativa:
Escolha objetos com padrões e use um filtro neles. Desta forma, o Inkscape irá rasterizá-los ao salvar como um PDF:
Antesedepoisdacomparação:
O único problema é que o arquivo resultante é muito maior do que aquele com o padrão quebrado (no meu caso, foi uma ordem de grandeza: um arquivo de 1.8MB se tornou 12MB).
Espero que ajude alguém que enfrente o mesmo problema.