Normalmente, quando você cria software a partir do código-fonte, será por um dos vários motivos:
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Você quer ajudar com o desenvolvimento do software. Obviamente, se você for desenvolver o software, precisará de uma cópia da fonte e de uma maneira de testar suas alterações.
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Você absolutamente não pode tolerar um certo problema com a última versão estável do software. Nesse caso, pode haver um patch disponível, então você espera criar a partir do código-fonte, com esse patch aplicado. Ou, uma correção para o problema pode estar disponível na fonte mais recente, mas nenhuma liberação foi feita desde que a correção foi confirmada.
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Muitas vezes, quando empacotadores compilam software, algumas decisões são tomadas em tempo de compilação. Se você precisar de configurações diferentes ou desejar otimizar seu sistema específico, a compilação do software permitirá que você faça isso.