Então, depois de entrar em contato com o suporte do Ubuntu One, recebi as seguintes etapas:
- Pare o Ubuntu One com:
u1sdtool -q
- Exclua a seguinte pasta:
sudo rm -rf ~/.local/share/ubuntuone
- Reinicie o Ubuntu One com:
u1sdtool -c
- Abra o Painel de Controle do Ubuntu One e selecione novamente minhas pastas de sincronização.
O passo 4 me deu um aviso perguntando se eu queria mesclar minha pasta local com a versão em nuvem do mesmo nome. Depois de clicar em "Sim", ele começou a ressincronizar tudo do zero, o que levou tanto tempo que o deixei durante a noite. Eu não posso dizer se ele realmente baixou ou fez o upload de qualquer coisa, mas de qualquer maneira pela manhã disse que a sincronização de arquivos foi concluída. À primeira vista, isso parecia ok, embora eu não tenha como dizer com certeza se houver mais arquivos ausentes em algum outro lugar na minha pasta sincronizada.
De qualquer forma, espero que isso ajude alguém que encontra um problema semelhante.