Eu entendi corretamente que você não deseja excluir arquivos do usuário, quer apenas se livrar de uma falha ocasional?
Eu sugiro que você atualize primeiro para o Snow Leopard normalmente (os arquivos do usuário serão mantidos intactos, é claro) e use-o por um tempo para ver se funciona melhor. Se não, então considere outras opções para corrigir o problema, talvez até mesmo uma reinstalação limpa se nada mais ajudar.
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