Já experimentou alguns truques mais antigos, como desfragmentar o disco rígido?
Além disso, a única coisa em que consigo pensar é que você perdeu algo ao olhar para os aplicativos (minha ferramenta favorita é Microsoft / Sysinternals Autoruns ) ou é uma atualização de driver / atualização automática de algum programa em algum lugar que esteja causando problemas.
A coisa do registro é praticamente um mito desde que o software não tenha interferido em partes cruciais.
E não, muitos programas não abrandarão o seu computador, com exceção de uma unidade mal fragmentada. Se você é um usuário de moder / real power, como você disse que ajusta os serviços, apenas certifique-se de não ter desativado as "tarefas de manutenção" cruciais que mantêm sua máquina com desempenho máximo.
Por fim, verifique os contadores de desempenho no Gerenciamento do computador e veja se eles podem dar uma ideia de quando o problema começou e o que aconteceu naquele momento.